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1. 基于BERT和CNN的基因剪接位点识别
左敏, 王虹, 颜文婧, 张青川
《计算机应用》唯一官方网站    2023, 43 (10): 3309-3314.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2022091447
摘要268)   HTML13)    PDF (1829KB)(149)    收藏

随着高通量测序技术的发展,海量的基因组序列数据为了解基因组的结构提供了数据基础。剪接位点识别是基因组学研究的重要环节,在基因发现和确定基因结构方面发挥着重要作用,且有利于理解基因性状的表达。针对现有模型对脱氧核糖核酸(DNA)序列高维特征提取能力不足的问题,构建了由BERT(Bidirectional Encoder Representations from Transformer)和平行的卷积神经网络(CNN)组合而成的剪接位点预测模型——BERT-splice。首先,采用BERT预训练方法训练DNA语言模型,从而提取DNA序列的上下文动态关联特征,并且使用高维矩阵映射DNA序列特征;其次,采用人类参考基因组序列hg19数据,使用DNA语言模型将该数据映射为高维矩阵后作为平行CNN分类器的输入进行再训练;最后,在上述基础上构建了剪接位点预测模型。实验结果表明,BERT-splice模型在DNA剪接位点供体集上的预测准确率为96.55%,在受体集上的准确率为95.80%,相较于BERT与循环卷积神经网络(RCNN)构建的预测模型BERT-RCNN分别提高了1.55%和1.72%;同时,在5条完整的人类基因序列上测试得到的所提模型的供体/受体剪接位点平均假阳性率(FPR)为4.74%。以上验证了BERT-splice模型用于基因剪接位点预测的有效性。

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2. 关注长尾物品的推荐方法
秦婧, 张青博, 王斌
《计算机应用》唯一官方网站    2020, 40 (2): 454-458.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2019091665
摘要888)   HTML7)    PDF (799KB)(417)    收藏

针对推荐系统算法中覆盖率和多样性偏低所带来的长尾问题,提出了一种长尾物品的推荐框架以及关注长尾物品的推荐算法FLTI。长尾物品的推荐框架是基于卷积神经网络(CNN)模型构建的,分为数据处理层、推荐算法层和推荐列表生成层。将FLTI算法加入到了框架中的推荐算法层,该算法首先计算了频繁推荐项以及非频繁推荐项,然后采用使用长尾物品替换频繁推荐项的方法来满足系统中指定的长尾比例。实验结果表明,在Movielens 1M和BookCrossing数据集上,FLTI算法比传统的基于用户的协同过滤(UserCF)算法、基于物品的协同过滤(ItemCF)算法、奇异值分解(SVD)推荐算法以及协同去噪自动编码(CDAE)算法在覆盖率指标上最多提高了51%,多样性指标上最多提高了59%。

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3. 基于蛙跳退火粒子群算法的民航发动机单元体修理级别决策及成本优化
张青, 郑岩
计算机应用    2020, 40 (12): 3541-3549.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2020040565
摘要270)      PDF (1129KB)(349)    收藏
针对民航发动机单元体送修工作范围决策及全寿命维修成本优化问题,提出了以返厂时间间隔为变量的基于蛙跳退火粒子群优化算法的发动机单元体修理级别决策及成本优化模型。首先,考虑维修指导手册中的各单元体送修逻辑图及限寿件到寿更换情况,构建了发动机送修成本函数。其次,借助蛙跳退火粒子群优化算法确定了全寿命期间内不同返厂次数的送修成本及各单元体维修等级。最后,通过算例将所提算法与基本粒子群优化算法、退火粒子群优化算法、混合蛙跳优化算法进行对比,分析了不同返厂次数对送修成本及可靠性的影响。实验结果表明,当发动机在全寿命期内进行5次返厂送修时,蛙跳退火粒子群优化算法的成本平均值为322.479 1美元/飞行小时,与其他三种优化算法相比成本最优,可为航空公司和大修企业提供送修决策支持。
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4. 基于注意力机制的改进CLSM检索式匹配问答方法
于重重, 曹帅, 潘博, 张青川, 徐世璇
计算机应用    2019, 39 (4): 972-976.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2018081691
摘要398)      PDF (752KB)(280)    收藏
针对检索式匹配问答模型对中文语料适应性弱和句子语义信息被忽略的问题,提出一种基于卷积神经网络潜在语义模型(CLSM)的中文文本语义匹配模型。首先,在传统CLSM基础上进行改进,去掉单词和字母的 N元模型层,以增强模型对中文语料的适应性;其次,采用注意力机制算法,针对输入的中文词向量信息建立实体关注层模型,以加强句中核心词的权重信息;最后,通过卷积神经网络(CNN)有效地捕获输入句子上下文结构方面信息,并通过池化层对获取的语义信息进行降维。基于医疗问答对数据集,将改进模型与传统语义模型、传统翻译模型、深度神经网络模型进行对比,实验结果显示所提模型在归一化折现累积增益(NDCG)方面有4~10个百分点的提升,优于对比模型。
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5. 开放式机器人智体——宿主“软件人”的构建
武丹凤, 曾广平, 肖超恩, 张青川
计算机应用    2015, 35 (6): 1766-1772.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2015.06.1766
摘要515)      PDF (976KB)(475)    收藏

针对机器人功能的更新、修改、升级、维护等工作,普遍只能采用离线、静态方式进行的问题,将"软件人"引入机器人平台中,搭建了以宿主"软件人"为管理中心的机器人系统架构,并重点对宿主"软件人"进行了研究。首先,构造了宿主"软件人"的体系结构;然后,提出了宿主"软件人"知识行为一体化描述模型,并对其知识模型进行了基于数据结构的构造和实现,对其主要服务类行为给出了相应的设计规范及算法的参考实现;最后,将引入宿主"软件人"的机器人系统与网络平台中的"软件人"系统进行合一,经测试,机器人功能的在线、动态更替取得成功,同时也验证了对宿主"软件人"设计、实现方法的正确性和可行性。

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6. 基于人眼视觉原理的虚拟现实显示模型
徐宇杰, 管会超, 张宗卫, 郭庆, 张青
计算机应用    2015, 35 (10): 2939-2944.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2015.10.2939
摘要400)      PDF (790KB)(558)    收藏
针对虚拟现实领域现有的显示模块无法提供满足人眼视觉规律的立体视觉效果这一问题,提出一种基于斜交视锥体立体摄像机模型的虚拟现实(VR)立体视觉解决方案。首先,通过研究人眼视域模型和人眼双目提取深度信息原理,建立双目视差数学模型;其次,使用工业引擎3DVIA Studio作为实验平台,依靠VSL编程语言进行画面分屏处理,通过设立父子关系,设置视觉交互模块,搭建VR交互立体摄像机结构;接着,通过建立点云模型,量化物体立体感观,探讨多种VR立体摄像机模型,从深度信息显示效果和畸变特性出发分析各个模型优缺点,逐步进行优化。分别建立了中心轴平行的正交视锥体摄像机模型、中心轴于观影距离处相交的正交视锥体模型,通过优化摄像机视锥体结构,形成斜交视锥体摄像机模型。最后使用3DVIA Studio进行实验,代入具体数据进行投影变换,结果显示斜交视锥体摄像机模型在保证深度信息显示效果的前提下很好地消除了畸变,能够提供优秀的视觉体验效果。
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7. 一种高性能的附网刻录服务器的研究与实现
黄振中 张青
计算机应用   
摘要1269)      PDF (622KB)(691)    收藏
为了解决网络共享刻录机的需要,设计实现了一个新的基于iSCSI协议的附网刻录服务器(Networkattached Recorder Server,NRS)。NRS服务器采用虚拟刻录机技术同iSCSI协议相结合,既实现了刻录机的网络透明映射,也提高了网络共享的性能。采用多线程和磁盘文件缓存技术,使多用户可同时共享刻录机,也缩短了用户刻录的响应时间。详细介绍了这种NRS服务器的设计方案,并进行了相应的试验测试和性能分析。
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8. 基于注意力机制的改进CLSM检索式匹配问答方法研究
于重重 曹帅 潘博 张青川 徐世璇
  
录用日期: 2018-11-02